12 февраля 2012 года на заседании Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации было рассмотрено дело № А29-8355/2011 Арбитражного суда Республики Коми по заявлению Печорского речного порта против Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы № 2 по Республике Коми.

  Напомним, что ранее Межрайонной инспекцией ФНС № 2 по Республике Коми была  проведена выездная налоговая проверка открытого акционерного общества «Печорский речной порт» за 2007–2009 годы, по результатам которой принято решение от 10.06.2011 № 10-52/5 о привлечении общества к ответственности за совершение налогового правонарушения, в частности, обществу доначислено 332 660 рублей транспортного налога за 2009 год по мотиву неправомерного использования льготы, установленной подпунктом 4 пункта 2 статьи 358 Налогового кодекса Российской Федерации, в отношении несамоходных (буксируемых) судов, поскольку в указанный период перевозка грузов не являлась для общества основным видом деятельности.

  По результатам пересмотра дела ВАС РФ принято решение об отмене судебных актов и принятии нового решения не передавая дело на новое рассмотрение.

  Решение Арбитражного суда Республики Коми от 30.12.2011 по делу №А29-8355/2011, постановление Второго арбитражного апелляционного суда от 05.03.2012 и постановление ФАС Волго-Вятского округа от 11.07.2012 по тому же делу в части отказа ОАО "Печорский речной порт" в признании недействительным решения Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы №2 по Республике Коми от 10.06.2011 №10-52/5 о доначислении 326 880 рублей транспортного налога, начислении на указанную сумму пеней и привлечении к налоговой ответственности в соответствующей части отменить. В отмененной части требование ОАО "Печерский речной порт" удовлетворить. Решение Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы №2 по Республике Коми от 10.06.2011 №10-52/5 в части доначисления 326 880 рублей транспортного налога, начисления на указанную сумму пеней и привлечения к налоговой ответственности в соответствующей части признать недействительным. В остальной части названные судебные акты оставлены без изменения.